在两次欧洲冠军杯总决赛分别对阵本菲卡和国际米兰，两败收场之后，一个辉煌的时期已接近尾声。球员的老化已是欧洲足坛普遍遇到的瓶颈，直到他们离开了俱乐部。米格尔·穆尼奥斯领军时代进行的球队重置大换血最终获得成功。所谓的Ye-Yes势必重返欧洲赛场并夺得俱乐部的第六个欧洲冠军杯。

　　1960年11月皇马对巴塞罗那的那场比赛，首次被淘汰出欧冠杯。英国裁判Ellis和Leafe是皇马输掉比赛的关键。前者给出一个不公平的惩罚，巴萨在伯纳乌最终以2-2结束比赛。后者在诺坎普那场比赛判了皇马4个无效入球，最终巴萨2-1淘汰皇马。国际媒体严厉批评Ellis和Leafe的判决，并造了个新词Madricide来形容皇马的被不公淘汰。

　　几天后皇马带着上一场失败的耻辱对阵巴萨，准备一雪前耻， 12月4日在诺坎普球场5-3重创巴萨。

　　1961年2月8日，白军首次在马拉卡纳体育场亮相。他们对阵的是达伽马，上半场时间由索尔和Canario射进两球，以2-0结束。下半场由于皇马在之前的45分钟已经疲乏，最终以2-2的平局结束。

　　巴勃罗·埃尔南德斯·科罗纳多是1962年智利世界杯西班牙国家队主教练。他的球员出场名单上不包括阿曼西奥激起了一些争议，然而准备召集迪斯蒂法诺，圣马利亚、普斯卡什、帕钦、索尔、亨托和阿拉基斯塔因。不幸的是，斯蒂法诺受伤了，遗憾地错过这场比赛。

　　加拉加斯举行世界俱乐部友谊赛时，斯蒂法诺在皇马入住的波托马克酒店被绑架。1963年8月21日晚上他被委内瑞拉Libebration Front绑走。 我以为他们会杀了我， 他在自传Gracias, Vieja中写道。绑架案造成了很大的影响，斯蒂法诺俘虏达到了他们想要的宣传。斯蒂法诺3天后被安全释放。

　　1956年国会批准了首个皇马城的建设。七年后落成，这归功于皇马前主席阿尔瓦罗·布斯塔曼特的极力推崇。1963年5月18日举行了开幕式。开幕式后举办了一个非常重要的国际体育会议。

　　1964年6月27日，在维也纳的普拉特球场举行的第九届欧洲冠军杯决赛，斯蒂法诺为皇马出战他的最后一次正式比赛，迎战国际米兰，比赛以意大利3-1获胜而告终。斯蒂法诺与教练米格尔·穆尼奥斯对抗，而伯纳乌主席站在了后者那边。主席提出球员留在俱乐部做其他工作，但他拒绝了并签约了西班牙人队。

　　皇马在其76年历史里唯一一个赢得两次联赛五连冠的球队。他们首次实现五连冠是在1960/61至1964-65赛季，以及1985-86至1989-90赛季重演壮举。已经没有其他西班牙球队能够打破这个纪录。

　　1964年米格尔·穆尼奥斯带领下的球队进行了重整并在接下来的两年取得了成功。 1966年5月11日，皇马在布鲁塞尔的海瑟尔球场迎战贝尔格莱德游击队，以2-1击败对手赢得了他们的第六次欧洲冠军杯冠军。这是Ye-Ye之队。 Ye-Ye是西班牙在六十年代用以称呼年轻人，特别是那些看着像披头士的。球队成员有阿拉基斯塔因、帕钦、德费利佩、桑奇、皮里、佐克、赛瑞纳、阿曼西奥，格罗索、贝拉斯克斯和亨托。

　　在六十年代末举行了三场比赛向3位传奇球星致敬：何塞·埃米利奥·圣马利亚（15-9-1966），斯蒂法诺（6-7-1967）和费伦茨普斯卡什（26-6-1969）。这三人已经是皇马俱乐部辉煌历史的象征。三位球员在结束球员职业生涯后都成为教练。不用多说，球迷们给了他们一个空前未有的热烈掌声。